倭寇在1937年7月30日成立汉奸政府北京地方维持会。 并且开始对北平一切抗倭力量，文化力量，教育系统进行颠覆……

8月25日，倭寇宪兵搜查了北大办公室，并以发现抗倭宣传品为由，不断骚扰北大。10月18日，北平地方维持会把“保管”北大的布告挂在第二院门口。“北平沦陷后的北大残局就这样暂时结束了！”

新文化运动的发祥地——沙滩红楼，成为倭寇宪兵队队部，楼内地下室也成了宪兵队本部“留置场”（拘留所），许多爱国志士被关押在这里，遭受非人迫害。

根据被抓的教育人士描述，他曾被送到北大文学院地下室去受招待，那里简直是活地狱。敌人把冷水灌到他鼻子里，终致使他晕过去。他醒过来时，倭寇宪兵上村告诉他，北大应该对这场使倭寇蒙受重大损害的战争负责，所以他理应吃到这种苦头…

毫无疑问，这是沙滩大院百年历史上的至暗时期。据统计，北京大学的图书、仪器和教材大量被毁，仅此一项就损失60万银圆。

清华学校内各系馆大多被倭寇改为伤病员住房，图书馆被改作医院治疗室、手术室，体育馆被改为马厩，新南院竟然成了倭寇随军妓馆，气象台成了豢养军马、军犬的场所。

倭寇还曾在清华大礼堂前举行“军犬大赛”，以军犬撕咬华夏人为乐，数十个华夏人被活活咬死在大礼堂前的广场上。留下来的两个工友，被逼一再输血，最后死于非命。

北大、清华惨遭涂炭，北平不受倭寇人侵扰的，只剩下有基督教背景的燕京大学和有天主教背景的辅仁大学两座“孤岛”。

因为燕大为美国财产，倭寇有所顾忌，暂时没有占领燕大。未及撤到后方的学生拒入伪大学，纷纷报考燕大，燕大则尽量多招生，以培养更多爱国青年。

在燕大，《义勇军进行曲》常在校园飘荡，凡是要到大后方或延安的学生，学校都要为其送行，不仅绝对保密，有的还资助路费。

后来，倭寇在华夏战场开始失利，对燕大也开始插手，在北大红楼地下室，燕大教授们受尽屈辱，大部分人被关押了七个多月才释放。

燕大倒下后，北平硕果仅存的高校就只剩下辅仁和华夏大学了。

辅仁大学是天主教在亚洲所设的唯一一所大学，由德国圣言会资助，一直在刺刀与枪炮声中正常招生。