随着内廷人员大量减少，内廷二十四衙门的部门相继合署办公。

朱由校撤销内廷二十四衙门编制，成立皇家办公厅和皇家内务部，天启元年正式执行。

皇家办公厅对皇帝负责，下设秘书处、特勤处、人事处、财务处。曹化淳担任办公厅厅长、刘若愚担任秘书处处长、程冲斗担任特勤处处长、王承恩担任人事处处长、王冰温担任财务处处长。

司礼监、尚宝监、印绶监的部分职责合并至秘书处，秘书处负责协助皇帝处理政务、对外联络、管理玉玺、印绶等。

御马监、司设监、都知监的部分职责合并至特勤处，特勤处负责紫禁城安全保卫、皇帝及皇室成员安全保卫、皇帝出行安全保卫及礼仪、办理皇帝交待的秘密任务和情侦事务。

特勤1师整编到特勤处，编制3个特勤队，每队4000人。其中一个为女子特勤队。女子特勤队负责内廷安保护卫。

特勤队统一着文职人员的中装，配置热兵器，但热兵器平时集中管理。平时在紫禁城执勤时，仅携带长刀、盾牌。紧急情况或出外勤任务时配带热兵器。

皇帝出行礼仪除了重大仪式时，采用隆重的銮舆。其它时候礼仪简化，乘坐外观普通不醒目的四轮马车。但四轮马车内部为特制型号，安全措施升级，算是大明版的防弹马车。

一般出行时，不清场不开道，几辆外观一样普通的马车同行。特勤处另外安排隐蔽的安保措施，尽量不扰民。皇帝随意选择乘坐的马车，让外界看不出皇帝坐在哪辆马车里，防止刺客精准刺杀。

人事处负责内廷工作人员选拔、任用、考核、晋升、奖惩等管理。财务处负责皇帝私人的资金财产、库房、皇庄等产业管理。

内务部对皇后负责，下设财务处、文教处、物管处、膳食处、御用处。

财务处负责内务部的往来资金、库房管理。

钟鼓司的部分职责合并至文教处，文教处负责皇室子女、后宫嫔妃的礼仪、修养、文化、艺术的教育学习以及内廷工作人员的教育培训，定期组织文化艺体娱乐活动。

内官监、神官监、直殿监、浣衣局、混堂司的部分职责合并至物管处，物管处负责宫殿、房舍、市政设施的管理、维修维护以及清洁卫生。

尚膳监的职责合并至膳食处，膳食处负责皇帝以及内廷工作人员的饮食制作。后宫嫔妃、皇室成员均自备厨房自行开伙，厨师由膳食处派遣。