但是在朱元璋手下干活，不论是通过举荐还是科举入仕，能保住性命都很不错了。洪武四大案杀的人头滚滚，血流成河。朱元璋晚年的南北榜更是把主考官和状元都送去见了阎王。

在1397年的会试中录取的51人全部都是南方士子，放榜以后遭到北方士子抗议。朱元璋认为其中存在舞弊，下令彻查，但是主考官却坚持认为录取结果并无问题，考官完全是凭真才实学录取。

朱元璋大怒，下令将主考官发配流放，使第一名陈安也被处死。朱元璋亲自阅卷重新录取了61人，全部都是北方人，史称南北榜案。最终促成明朝按地域取士的公平。

1425年，明宣宗朱瞻基下令会试分南北中三卷取士。明朝科举还有一个重要的改变，就是额外设立庶吉士考试，在新科进士中选拔进入翰林院的人才，继而入阁辅政。

到了明朝中后期，内阁大学士基本都是庶吉士出身。清朝科举继承明代制度，但是为宗室和八旗子弟增设科目，方便他们进入仕途。

清朝时科举制度的种种弊端已经暴露无遗，明清科举考试皆采用八股文文体进行考试，对格式要求极高，而且只能从朱熹的《四书章句集注》等书中出题，而且也不能重复。

几百年下来，考官出题也成了一个基础活，只能从书中摘出词句，强行拼接。在这种情况下，科举考试已经丧失了选拔人才的初衷，变成为科举而科举。

当时的有识之士也提出改革科举，废除八股取士，但是都遭到皇帝驳回。世界正在风云变幻，欧洲列强攻城略地，而清朝却依然抱着儒家经典，做着天朝上国的美梦，迟迟不愿醒来。

即使在近代遭到列强的强力冲击，不得不割地赔款，但是事关国家根本的科举和教育制度改革依然阻力重重。梁启超提出“欲维新我国，当唯新民；欲维新民，首先应该改革科举和教育制度”。

1901年，慈禧太后终于下旨改革科举制度，废除八股文取士，广开新式学堂。4年后科举正式废止。实行了1400余年的科举制度，也正式退出历史舞台。

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