当时朱常洛的正妃早已去世，后宫无主，而李选侍却把自己当成了未来的太后，引起了东林党的强烈不满。四军仅有16岁，怎么能托付给这个女人？因此，杨涟等人一见到朱由校就把他从乾清宫拉到了慈庆宫。

但是李选侍还是赖在乾清宫不走，眼看着登基大典的日子越来越近，双方僵持不下，最后还是太监王安把李选侍赶了出去，朱由校才得以登记为帝，改元天启。

由于朱由校沉迷于做木工无心治理朝政，乳母客巴巴和太监魏忠贤走上了前台，二人狼狈为奸，把前朝后宫搞得乌烟瘴气。

东林党对皇帝宠幸客巴巴和魏忠贤非常不满，但是朱由校却充耳不闻。在朱由校看来，从小陪他长大的客巴巴和魏忠贤就像自己的父母一样。

有一天晚上，客巴巴的两个相好在皇宫里吵架，惊动了朱由校。朱由校非但不生气，反而还问客巴巴看中了哪个，要把另一个赶出去。

然而此时的大明朝早已处于内忧外患之中，后金实力日渐强大，明军已经无力遏制努尔哈赤。努尔哈赤先后攻克了辽东重镇沈阳和辽阳，在1622年的宁远之战中，明军大败，王化贞与熊廷弼撤进山海关，明军尽失辽西之地。

次年，魏忠贤执掌东厂，权势更加显赫，被称作“九千岁”，而“万岁”自然是指皇帝朱由校。每次魏忠贤都趁朱由校做木工的时候来奏事，朱由校都很厌烦，让魏忠贤自己看着办。有了皇帝的同意，魏忠贤变得更加肆无忌惮，飞扬跋扈。

一些对魏忠贤不满的文官也纷纷依附于魏忠贤，组成了阉党，与东林党针锋相对，互相攻击。1625年，杨左光斗等7人尚书弹劾魏忠贤24条大罪，结果这7人都遭到了魏忠贤的残忍迫害，受尽酷刑，含冤而死，世人称之为“东林六君子”。

自此以后，魏忠贤的气焰更加猖獗。在全国各地修建生祠，世人只知道有“九千岁”魏忠贤，不知有“万岁爷”朱由校。

但是无论魏忠贤还是朱由校都没有什么治国才能，此时的明朝各地已经出现了各种天灾，再加上土地兼并，基层官吏腐败，导致流民越来越多，成了一个巨大的定时炸弹。

只要有人振臂一呼，那么对于明朝来说将会是一个灾难性的后果。立国260年的大明朝开始走向衰亡，然而朱由校本人是等不到那时候了。

1627年，朱由校重病不起，在皇后张嫣的劝说下，他决定按照胸中大义，将皇位传给自己唯一的亲弟弟朱由检，并嘱托他“吾弟当为尧舜”。几天后，朱由校驾崩，终年22岁，庙号熹宗，葬于德陵。