统治集团腐朽，政治制度落后，权力分散：

世家大族势力膨胀：东晋时期，世家大族如王、庾、桓、谢等轮流掌权，形成了“王与马共天下”的局面， 严重削弱了皇权。这些大族在政治、经济、军事上拥有巨大势力，甚至能够左右皇帝的废立，导致中央集权名存实亡。

政治腐败黑暗：东晋长期实行“侨置郡县”制度，优待北方流亡士族，却压迫南方士族和寒门庶族，加剧了阶级矛盾和社会动荡。这种政治腐败和阶级压迫引发了多次叛乱和起义，如孙恩、卢循叛乱，对东晋政权造成了严重打击。

皇帝昏庸无能：

东晋的皇帝大多昏庸或无能，尤其是晋安帝司马德宗，他“口不能言”，有严重智力障碍，几乎无法处理朝政。这种皇帝的极度昏庸给了桓玄、 刘裕等野心家崛起的机会，导致宫廷实权派内斗不断，进一步削弱了东晋的统治基础。

经济衰退：

长期的战乱和政治动荡导致了经济衰退和贫富差距加大。农业生产逐渐萎缩，商业贸易凋敝，社会的整体经济状况越来越差。这种经济困境加剧了 人民的不满和反抗情绪，为农民起义和权臣篡位提供了条件。

内部斗争激烈：

东晋时期，不仅皇室与世族之间存在斗争，世族之间、世族与寒门之间也斗争激烈。这种内部斗争不仅消耗了国家的实力，也削弱了东晋政权的凝聚力和战斗力。

外部因素

民族矛盾激化：

东晋时期，北方游牧民族不断入侵中原地区，对东晋构成了严重威胁。这些民族之间的冲突和战争不仅加剧了国家的动荡不安，也削弱了东晋的边防力量。

少数民族南迁：

东晋晚期，大量少数民族南迁到江南地区。这些南迁的民族与当地汉族居民之间产生了文化和利益上的冲突和矛盾。这种民族关系的紧张局势进一步加剧了东晋的社会动荡和政治危机。

综上所述，东晋灭亡的原因是多方面的、复杂的。内部因素如统治集团的腐朽、皇帝的昏庸无能、经济的衰退以及内部斗争的激烈等是导致东晋灭亡的主要原因；而外部因素如民族矛盾的激化和少数民族的南迁等则加剧了东晋的危机和动荡。最终，在东晋末年爆发的农民起义和权臣篡位的打击下，东晋政权走向了灭亡。