这几年大明北方天灾频发，山西也不可幸免，大量没有能力抵御天灾的农民破产，被迫沦为佃农，变成地主商人的附属，任由剥削。

山西大量优质土地被实力雄厚的地主收购持有，商业活动也被本地少数大商人所垄断。旱灾导致粮食减产，商人士绅又囤积居奇、哄抬物价，平民百姓的生活愈加艰难。

在朱由校掀起晋商案之前，山西的社会状况与大明北方大多数地方的情况差不多，都非常糟糕，几任当权者也无力施行大规模的改革来改变局势。

黄立极之前的几任山西巡抚也是依附魏忠贤的阉党，手下地方官员自然多为阉党。这些人花了大价钱从阉党手上买官上位，自然是要把钱赚回来，但他们不敢从地主士绅身上搜刮，那自然只能盘剥百姓。

一年又一年，一任接一任，山西百姓更是民不聊生，水深火热。农民百姓过不下去，在地主、商人和官府底下连苟且偷生都做不到了，走投无路之下只能铤而走险，偷盗抢劫，占山为王。

随后陕北爆发了大规模的农民起义，山西当地的百姓也群起响应，迅速形成了多支义军队伍。

山西多山，地形奇峻险要，起义军躲到山中与前来围剿的官兵周旋，官府一时之间也无法将他们彻底镇压剿灭，逐渐形成了晋西北和晋东南两片主要的义军活跃地域。

黄立极上任后才刚开始着手整治山西官场，晋商案就爆发了，使得黄立极手上掌握了巨量的资源，有了进行大规模社会变革的资本。

但黄立极的各项改革举措还未完全落实到位，没等到利民效果呈现出来的时候，就等到了王自用、王嘉胤招惹延绥镇边军，被迫东渡黄河逃入山西，与晋西北义军合流。山西的卫所官兵战力孱弱、屡战屡败，高迎祥等部又进犯晋西南，官军首尾不能相顾，黄立极也无能为力。

等到朝廷派遣大军入晋镇剿，在曹文诏、孙传庭、周遇吉的配合下，在临县一战大败义军，将盘踞在晋西北的义军驱逐到了晋南。

随后陕西义军与山西义军联合发动了潞安之战，企图凭借优势兵力将晋南的官府势力一举消灭，将晋南打造成根据地。可是遭到官军迎头痛击，被打得一败涂地，陕西义军渡过黄河逃入河南，山西义军只能躲藏在晋东南的太行山脉中苟延残喘。

得益于晋商案的巨大影响以及各路义军在晋东南、晋西南、晋西北的秋风扫落叶，山西地方上的大量顽固势力被铲除。义军被驱逐后，朝廷的影响力成功深入到山西各处，盘踞在晋中一带的士绅地主独木难支，不得不向以黄立极为首的代表朝廷的官府屈服，并寻求合作。

由于山西北部是边关，时常受到蒙元威胁，所以晋北的几个卫所与大明内地的卫所相比起来还是颇具战力的。后来宣大军李邦华为了组建专业火器部队，用七千有实战经验的老兵换走了山西的几乎所有火器。