收复开封府后，河南巡抚杨天锡带着宣武卫、陈州卫接管祥符县城，此时的开封府经过半年多的民乱肆虐，已是田地荒芜、十室九空。

杨天锡开始着手清理废墟、掩埋尸体、关押俘虏，劝返当初避祸河北的百姓，准备恢复生产，重建家园。

二月下旬，官军完成了对义军的清扫行动，开封府、河南府、汝州等地基本平定，之前逃离家园的大量开封府、河南府等地的百姓、士绅开始陆陆续续返回家园，河南各州府的官员也逐步返回各司其职。

河南锦衣卫千户所全体返回开封府祥符县锦衣卫衙门，很快就收到了全部暂留开封、协助管理祥符县治安工作的指令。

三月二十二日，晋绥军驻守河南府，孙传庭受命重新组建潼关卫、弘农卫、河南卫；卢象升负责整顿改组宣武卫、汝州卫、睢阳卫、归德卫、陈州卫。

三月三十日，曹文耀率五军营第四师押送主要义军匪首返回京师；兖州卫、青州卫开始返回山东驻地；曹文诏率登莱军移驻中都凤阳府；杨国柱率天雄军前军移驻陈州；祖宽率天雄军后军移驻许州。

天雄军、登莱军到达新驻地后就地进行新军制的重组整编。

四月一日，朱由校下旨：迁卢象升为河南总督，总督河南各处军务；任命曹文诏为凤阳总督，总督凤阳府、庐州府、安庆府三府军务，整顿各卫所，设立“下直军指挥使司”，组建“下直军”。

河南除南部的汝宁府、南阳府外，各地基本光复，朝廷大军控制住各地，一大批新的官员以及一大批新的锦衣卫也随之悄悄进入开封府。一场庞大的行动，也随之悄悄展开。

四月十二日，锦衣卫都指挥佥事许显纯出现在开封府，召集河南锦衣卫千户所全员集合城中校场。

河南锦衣卫千户杨宽谄媚地道：“许佥事远道而来，在下已在城中最好的酒楼为大人准备好了酒宴，为大人接风洗尘。”

许显纯眼底一股冷意，面无表情道：“先处理公事，别的再说。”

杨宽点头哈腰：“那是自然！那是自然！”

许显纯问道：“河南千户所在册人数是多少？今天集合在这里的有多少人？”

杨宽拿出一本名册：“禀大人，河南千户所在册总人数一千二百二十七人，除南阳府、汝宁府那边还有贼军作乱，有二百一十七人无法召集外，其余各处锦衣卫人员皆已在开封府城中。”

许显纯点头：“全部都在这里？打了这么长时间的仗还能这么齐人么？点名报到！每一个百户把手底下人名单全部报上来，有失踪死亡的详细全都要上报，不允许错漏一人！本官今天就在这里等着，今天不完成，所有人都不许离开！如有空缺、有人敢吃空饷，我拿你杨宽问罪！”

杨宽慌忙躬身：“遵命！请大人您稍候。”说完就去吩咐去了。

开封府祥符县校场中，上千名身着飞鱼服的锦衣卫逐渐分成一排排，各自点名登记。

不到一个时辰，点名登记完成。

杨宽禀报道：“禀大人，清点已完成。在场除南阳、汝宁两府人员外应到一千零一十人，实到八百八十二人，其中已知明确死亡人数为九十六人，失踪或无法获知现状的有三十二人。”