在南京，熊廷弼罢黜乡绅权贵子弟，提拔了寒微之士，他甚至公开仗责考试舞弊的生员，从而引起了东林党人的不满。

所以，熊廷弼与江南乡绅的关系已经到了有你无我的地步。

随后，熊廷弼被弹劾罢官，直到1618建奴起兵。

为了统一指挥战场，朝廷决定设立辽东经略这一职务。

按照熊廷弼在辽东的所作所为，辽东经略这个职务，他是最合适的。

但考虑到当时的辽东巡抚杨镐，在熊廷弼巡按辽东的时候，两人关系紧张，所以就放弃了熊廷弼，而是任命杨镐为辽东经略。

后来的事实证明，朝廷又错了。

在杨镐的指挥下，明军大败，丢失了抚顺，在萨尔浒大战中损兵折将，导致辽阳、沈阳门户大开。

万历皇帝终于觉得这件事，也与他有点关系，于是在1619年拜熊廷弼为大理寺左寺丞兼河南道监察御史，宣慰辽东军民。

本来才朝廷是要直接任命熊廷弼为辽东经略的，但由于方从哲的原因，就推迟了两个月。

正是在这两个月之中，开原和铁岭也失陷了。

这个时候，万历皇帝认为，辽东的事情跟他这个皇帝确实有关系，于是正式任命熊廷弼为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、经略辽东。

熊廷弼动身之前，就听说了朱由校的一些作为，但是，任谁都觉得即使万历挂了，还有朱常洛，就算朱由校显露出于总不同的潜质，以熊廷弼的年龄，也等不到这明君登基了。

去年（1619年）七月，熊廷弼带着尚方宝剑前往辽东。

进入辽阳之后，顾不上休息，立刻开始整顿辽东军务：

逮捕试图逃跑的前知州李尚浩；

把已经搬出城外的富户迁回城内，稳定人心；

斩杀逃将刘遇节、王捷、王文鼎；

斩杀贪将陈伦；

设六坛祭奠死难军民；

亲自坐镇沈阳前线，布置防御事宜。

在视察武器的时候，熊廷弼发现，大明的火药只剩下一千余斤，索性有个毛文龙请命，督造火药。

并且，毛文龙还说，他制造了一种‘地炮’，可以大量杀伤敌人。

这个消息令熊廷弼吓喜出望外，立刻上奏朝廷，为毛文龙请功升职。

趁着努尔哈赤转攻北关（叶赫部）的时机，熊廷弼派辽东三总兵李如桢、李光荣、贺世贤到抚顺一带虚张声势，同时派出毛文龙去镇江一带勘测地形地貌。

在谢谢熊廷弼的策略中，辽南四卫，是克制建奴的重要缓冲地带。

此过程中，熊廷弼发现李如桢太草包了，根本不堪任用，于是由李怀信代之，并将李光荣调往辽西，由援辽总兵柴国柱与贺世贤、李怀信镇守辽东。

1620年正月，熊廷弼重新部署了沈阳、奉集堡的防守城防，又到被李成梁放弃的宽甸一带巡查，为巩固辽东的局势呕心沥血，以至于病倒马下。

到了八九月间，万历皇帝和朱常洛先后崩逝，朱由校登基，让熊廷弼看到了一丝曙光。