为巩固君权，军政分立，马淳根据越国现状，设三省八部制。分为制定国策的中书省，由国相谢赞兼任中书令。

侍从皇帝左右、赞导众事、顾问应对的门下省，共议国政，并负责审查诏令，签署章奏，有封驳之权。也就是说，门下省负责审议国策优劣，有决定是否施行的权力。马淳任命甘述担任侍中，执掌门下省。

最后一个就是作为执行机构的尚书省，尚书令由柳荣担任。柳荣作为马淳治政助手，崖洲政务非常熟悉，虽然政治眼光不高，但是内政上确实是一把好手，他来担任尚书令也是本土势力当中众望所归的人选。

尚书省下面分为吏、工、农、商、兵、刑、户、礼八部。

吏部主管官员考评升迁。

工部主持国家营造、城市建设等一些民生、国防设施建设。

农部主管水力建设、农业生产等事务。

商部主管商业。

兵部主管军队后勤，以及招募、训练士兵。

刑部主管刑罚、审理案件。

户部主管财政、税赋。

礼部主管祭祀、外交以及全国学校，组织各类考试，从民间选拔人才进入官府，由朝廷选拔任用到各个部门或者各地州郡任职。

在军队建设上，马淳将军队和地方脱离开来，成立八部柱国制。分为水师南北两大柱国，陆军六大柱国的格局，取消杂号将军设置，各部主将称为柱国大将军。各柱国满员为两万，分成左右两副将十校尉，八部合计满员十六万士卒。

除了没有杂号将军，其他几乎和现有军制相同。一个两千人编制的校尉下属五部司马，一部司马下属两曲军侯、一曲下面有两屯，一屯两队，一队五什，一什两伍。

打个比方，一个幽州普通士卒，他身份铭牌上应该正式标明的身份是“幽州柱国左军四校尉十八部四十二曲八十四屯一百六十八队八百四十什一千六百八十伍某某”。

但是为了简单明了的说明该士兵身份，各部都以数字番号代替。就像前文所说的那个士卒，陆军编号为1，水师编号为2，幽州柱国部按照崖洲设置是第五部，那么他的编号就是15145222523某某。翻译过来就是陆军第五柱国左军四校尉五部二曲二屯二队五什二伍三号士卒某某，简单明了，只要清楚越国军制，从铭牌上就一眼看出此人所属部队是哪里的。

柱国大将军平时各不统属，三州各设一部。除北海水师设在北汉山港，南海水师设在崖洲琼山港，各州设置一部柱国以外，有三部陆军柱国驻兵在越国都城琼山城。

这满员十六万士卒是越国正式编制的士兵，还有分散在各地郡县的预备役士卒。这些预备役士卒平时从事各自行业，每隔十日，便由各地郡县的郡尉、县尉、乡寺游檄负责带领进行军事训练，战时挑选入伍参战。

还有一部分退伍老兵以及因伤退伍士卒，会加入到各地官寺组成治安衙役，负责各地治安工作。

各部柱国大将军只管统兵作战，不用去应付后勤供应、士卒训练等杂事。不过鉴于后世宋、明两朝文官利用掌管军饷、后勤等财权干预军事，甚至对将领们任意掣肘，导致兵不知将、将不知兵，将领们不能发挥自己的军事能力打赢战争的事件发生。

马淳设立了军事监察机构都督府，其职责就是监察****现象，还有一个就是监察各地州郡对各部柱国的后勤保障。

士卒训练上，马淳一边利用军校培养底层军官，一边利用预备役制度加强后备士卒的训练。当然了，当预备役士卒经过挑选，进入各部柱国成为正式士兵后，他们平时的训练就由各部柱国将领负责了。