敌人退去，崇祯皇上开始追究责任。

袁崇焕杀害毛文龙大帅引发一切，罪责第一当之无愧。

东林党主席钱龙锡参与谋害毛帅，罪责第二毋庸置疑。

兵部尚书王在晋刚刚上任适逢其会，罪责第三纯属倒霉。

此三人罪证确切做不容抵赖。其余大小官员担心自己受到殃及，纷纷推卸责任落井下石，对袁崇焕等人的罪行进行深挖，真真假假罗列不计其数（实事求是进行审判袁崇焕也是死罪）。经过几个月收集证据反复审理，会审时形成定案：

谕以袁崇焕付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，种种罪恶。命刑部会官磔示（3600刀凌迟），依律家属十六以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴。今止流其妻妾，子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。”

谕：『旧辅钱龙锡背公逞私，密谋主款；袁崇焕疏语已露，终不奏闻。并不重罚，何以惩后！命法司拟罪』。逮至，论死。”

袁崇焕受刑时京师震动，认为他通敌的北京百姓摩肩接踵前来观刑。袁崇焕在行刑前念出自己的遗言：“一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。（这首诗献给毛文龙大元帅更合适。）”

数十万京人死在满洲手里，人人对袁崇焕恨之入骨，刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊。

到了夜里，袁崇焕的头颅在刑场，他的佘姓部下趁夜盗取头颅，埋在现在东花市斜街52号院内，还交代子孙不必再回岭南原籍，世世代代在这里守墓。

钱龙锡的罪名确凿无疑，袁崇焕罪名一大堆，不少模棱两可对错难辨，后人深有歧义。仁者见仁，智者见智，袁崇焕是否罪有应得争论不休，乾隆皇帝都参与进来，极力为袁崇焕翻案，宣称袁崇焕是忠臣，没有谋款（通敌议和）。他公开声称：袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主暗政昏，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。”

至此，袁崇焕彻底翻案，袁崇焕所有指控都有了新的说辞：

“托付不效”变成了“但尚能忠于所事”；

“谋款不战”变成了“会我大清设间……帝信之不疑”；