崇祯元年（1628年）六月，大明中央朝廷起用朱燮元为兵部尚书，总督云、贵、川、湖、广西军务兼贵州巡抚。

朝廷要求朱燮元尽快解决奢崇明与安邦彦的叛乱。

于是朱燮元就到了贵州，并移驻贵竹司（治今贵州贵阳）。

在贵州招收安抚流民，开垦土地，恢复贵州被破坏的经济。

同时派兵据险固要，在交通要道设立营垒，封锁叛军的物资进出。

又招募新兵充实军伍，进一步的增强了官军的实力。

就这样，一直到了崇祯二年（1629年）四月，朱燮元派贵州总兵许成名等由奢崇明的老巢永宁出兵。

经过战斗，官军收复赤水卫（今四川赤水河），这也是安邦彦老巢水西的一道天堑，赤水卫被官军占领。

就意味着官军随时可以攻入，安家的老巢，因此安邦彦不得不想办法夺回赤水卫，也由此揭开了官军与叛军主力决战的序幕。

八月，安邦彦分兵守陆广、鸭池、三岔等要地，并进逼遵义，自称“四裔大长老”，奢崇明称“大梁王”，合兵10万进击赤水。

由于赵安派遣宋佳，这一年多的渗透，加之赵安舍得花钱，使得宋家除家主宋万化外大部分宋家的人，都已经暗中投降于官军。

当安邦彦刚刚召集大军准备进攻赤水卫时，宋家的高层就将详细的计划汇报给了赵安，赵安通过秦良玉，将消息传递给了朱燮元。

于是朱燮元设计，命令贵州总兵许成名假装兵败，引诱安邦彦和奢崇明的叛军主力至永宁一带。

随后，早已埋伏在此的官军以逸待劳，先后在五峰山、桃红坝、鹅项岭，大败叛军，斩首数万级，安邦彦、奢崇明一路败退。

这一战，赵安与韩烈率领的火枪兵军阵大放异彩，以区区2000人，堵住了数万叛军的退路，再配合马钰的800骑兵。

仅仅是赵安与马钰这不到三千人，就杀敌近万，秦良玉与朱燮元，都上书朝廷替马县令表功。

但是可惜的是，让奢崇明与安邦彦带着残部逃走了。

崇祯二年（1629年）八月，这天的天气充满了大雾，明将李仕奇借助天气之便，率兵埋伏于红土川。

阻截住了奢崇明与安邦彦残部，随后支援而来的官军从后掩杀，奢崇明与安邦彦都于此战中被击杀，奢崇明与安邦彦的主力基本被消灭。

但是在奢崇明与安邦彦死后，这场叛乱也没有被马上的平息，安家家主安位率余部继续顽抗。

朱燮元再次采取“四面迭攻，渐次荡涤”的作战方针，屯兵险要，四面包围，逐步压缩，绝其资储。