元始天尊的地位比玉皇大帝高，虽然三界交给玉皇大帝管理，但元始天尊负责监督与辅助。玉皇大帝不胡作非为，元始天尊不会干预玉皇大帝的日常管理。当玉皇大帝有处理不了的事，元始天尊会出面协助。当玉皇大帝做出出格的事，元始天尊会出面干预，甚至可以与其他“二清”协商，将其废掉，并选出下一任玉皇大帝。

玉皇大帝和三清之间，三清见到玉皇大帝称呼他一声“陛下”以示尊重，但不用和其他神仙一样跪拜玉皇大帝。玉皇大帝见到三清要亲自迎接，叫一声“天尊”，不能以玉皇大帝的身份自居。

因此，原始天尊所居住的圣境四天，不是玉皇大帝可以随意出入的。

玉皇大帝和王母娘娘住在九重天，玉皇大帝